Tijekom svoga postojanja Fakultet je stekao ugledan položaj u hrvatskoj akademskoj zajednici i uspostavio raznolike znanstvene i profesionalne odnose sa članicama Sveučilišta u Zagrebu i ostalih sveučilišta u Hrvatskoj. Razvijeni su razni oblici vrlo žive suradnje, poput sudjelovanja na znanstvenim i stručnim skupovima i gostovanja predavača, osobito sa sljedećim zagrebačkim fakultetima: Fakultetom edukacijsko-rehabilitacijskih znanosti, Filozofskim fakultetom, Prirodoslovno-matematičkim fakultetom, Medicinskim fakultetom, Ekonomskim fakultetom, Prehrambeno-tehnološkim fakultetom, kao i s Fakultetom prirodnih znanosti, matematike i kineziologije Sveučilišta u Splitu. Kineziološki fakultet otvoren je studentima, nastavnicima i istraživačima drugih visokih učilišta iz zemlje i inozemstva. No javnosti je možda najpoznatija suradnja s hrvatskim sportskim organizacijama i mnogim pojedincima, osobito osvajačima vrijednih sportskih odličja ili pobjednicima olimpijskih igara, svjetskih i europskih prvenstava.