Zavodi su osnovne djelatne jedinice Fakulteta, u kojima se ustrojava i provodi znanstveni, nastavni i stručni rad. Djelatnost pojedinog zavoda obuhvaća više srodnih znanstveno-nastavnih disciplina na Fakultetu. Unutarnje ustrojstvo Kineziološkog fakulteta obuhvaća tri Zavoda, unutar koji djeluju manje organizacijske strukture tj. Katedre.

ZAVOD ZA KINEZIOLOGIJU SPORTA (ZAKS)
ZAVOD ZA KINEZIOLOŠKU ANTROPOLOGIJU I METODOLOGIJU (ZAKAM)
ZAVOD ZA OPĆU I PRIMIJENJENU KINEZIOLOGIJU (ZAPOK)